2020年1月16日我省报告首例新冠肺炎病例，新冠肺炎战“疫”就此打响，疫情就是命令，防控就是责任，作为一名共产党员，疫情发生之后周兴余立即投入各项防控工作中，先后带队前往广安、攀枝花、成都、巴中、南充、达州及凉山州等地开展疫情调查及处置工作：1月23日参与起草《关于启动我省新型光状病毒感染的肺炎疫情应急响应的专家意见》，作为专家组成员，参与每日全省新冠肺炎疫情病例确诊讨论，各种防控方案制定。                 

1月29日，攀枝花市报告当地首例病例，按照要求需要省疾控派员指导疫情调查处置，周兴余带队前往攀枝花市开展现场督导工作，对病例进行行踪梳理后已是深夜了，刚回住处不久，市疾控中心报告发生第二起疫情，此次疫情一次报告6例新冠肺炎确诊病例，鉴于6例病例均为亲属关系，病例数量多，达到远超国家暴发疫情的标准，首发病例为外省回当地病例且病例回当地后频繁参加各种聚餐聚会，为精确地统计病患传播链，尽可能找出全部密切接触者进而采取严格集中医学隔离观察措施。周兴余决定在防护装备不足情况下尽可能做好防护进入隔离病房与患者面对面交谈。鉴于新冠肺炎传染性太强，按照国家的相关要求不建议疾控人员对病例进行面对面流行病学调查，但病例行踪复杂，参与聚餐聚会者众多，如果按照要求进行电话调查，打电话时间会非常长，从而病例随时可以挂断电话进而影响调查进度，扩大感染传播链，就会导致密切接触者继续参加各种活动，出现新的感染者。在做好隔离措施，穿上防护服后，最终经过3个小时的与首发病例及其妻子的面对面交谈，周兴余全面掌握了该患者的活动轨迹，立即提出对与其密切接触的人群进行隔离观察。经过一周的手把手带教，强化了攀枝花市疾控人员的疫情处置与流行病学调查能力。该起疫情调查处置的意义：1体现了新冠病例在发病前两天就具有传染性，这与国家当时方案提出潜伏期没有传染性不一致，这起疫情由于病例刚发病即介入面对面调查。通过6例病例之间相互印证，显示首发病例在发病后就进行了隔离直至就医，发病前传播过程已经结束，从而潜伏期具有传染性证据确凿，省疾控中心根据调查结果建议省内印发紧急通知，要求追踪密切接触者提前至发病前三天，并再次强调全省坚持集中隔离医学观察。2该病有超长潜伏期出现，远大于国家规定的最长潜伏期14天，1月30日根据调查结果摸排出的密切接触者进行严格的集中医学隔离观察，全部实行单间隔离。2月15日、16日陆续有病例发病，根据和首例病例最后一次接触时间为1月26日，说明部分病例潜伏期最长达21天。3最快时间调查，能减少病例回忆偏移，得到的第一手资料更准确，从而能很快摸排出密切接触者，防止了密切接触者发病后传染给其他人，导致更多的病例和密切接触者出现进而导致社区传播。4发现超级传播者，此次疫情国家公布传播系数为2.3，即1个病例可以传播给2-3人，但此次疫情首发病例1人传播给11人，大大超过国家公布的2-3人。5机场高速路口设置卡口进一步降低输入病例风险，全面关停公共场所减少人群聚集性。这些行为导致了当地无新发病例，此次疫情后续病例均从集中隔离点的密切接触者中转化而来，没有继续传给其他人，也减少了更多的密切接触者。截止3月20日，攀枝花市由于新冠肺炎疫情导致的密切接触者数量在全省排在最后。

周兴余作为省疾控中心流行病学调查与督导组副组长平时协助组长对派出到全省各市州流行病学调查人员进行培训和指导，参与复杂疫情调查及讨论。新冠疫情病例传染来源不明对疫情防控至关重要，原因不明可能为社区传播先兆，是当地疫情大暴发的前奏，所以全国全省对于传染来源不明疫情高度重视，每次原因不明或复杂疫情背后几乎都有周兴余的身影，先后调查清楚攀枝花多人聚餐聚会导致聚集性疫情、成都市一起院内感染导致的新冠肺炎聚集疫情及达州市数起传染来源不明疫情的原因查找，查明的病例感染来源对我省疫情有效防控起到积极作用。

作为四川省新冠肺炎防控专家组成员和国家现场流行病学师资，周兴余多次参与讨论有关流行病学相关方案的制定：确定四川省新冠肺炎疫情分区分级差异化防控工作指南(第二版)，四川省复工复学复产后新冠肺炎防控方案，四川省新冠肺炎疫情阶段性评估，四川省新冠肺炎密切接触者集中医学观察指南及居家隔离指南等等相关文件。

2020年4月16日，按照四川省卫健委选派，作为副领队周兴余前往非洲埃塞俄比亚和吉布提协助开展新冠病毒疫情防控，周兴余在团队中主要负责流行病学调查和疫情评估，并对当地疫情防控中存在的问题提出建议。在团队中提出的联防联控机制运行不合理、密切接触者追踪方法探讨、密切接触者隔离措施不规范、复工复产建议及医务人员感染率高原因在于医院发热门诊设置及流程不合理等建议得到两个国家的好评，受到吉布提共和国总理授予的独立日骑士级勋章。4月-5月通过视频连线对刚果金、刚果布、科特迪瓦、佛得角、乍得，佛得角等非洲国家进行了新冠病毒传播及防控进行了培训，取得很好赞誉。