【中国疾控中心】新型冠状病毒肺炎文献梳理(2020.02.21)

[   发布日期:2020-2-24   来源:中国疾病预防控制中心   浏览次数:185   ]

 

  本文检索并整理了世卫组织公布新冠病毒全球研究的九大重点:新冠病毒的自然史、传播模式和诊断方法;识别动物宿主;流行病学研究;临床特征和管理;疫情防控;候选疗法的研发;候选疫苗的研发;伦理评估;应对疫情相关的社会科学层面诸多问题的潜在驱动因素九个领域的新文献,共梳理出7篇文献,供参考。详情如下: 

    

  一、新冠病毒的自然史、传播模式和诊断方法 

  1. 2020218bioRxiv预印版:在人肾脏和膀胱中对ACE2蛋白表达的单细胞分析揭示了泌尿系统可能也是2019-nCoV感染的潜在途径 

  机构或团队:中南大学湘雅医院、澳大利亚莫纳什大学、中南大学湘雅二医院、南京新格元生物科技有限公司 

  事件概要: 

  218日,bioRxiv预印平台发表了中南大学湘雅医院等的论文“Single-cell Analysis of ACE2 Expression in Human Kidneys and Bladders Reveals a Potential Route of 2019-nCoV Infection”,评估了健康肾脏和膀胱的所有种类细胞中ACE2基因的表达水平。 

  在短时间内,血管紧张肽转换酶IIACE2)被认为是2019-nCoV进入细胞的受体,这与严重急性呼吸综合征病毒(SARS)一样。为了探讨2019-nCoV患者肾损伤的潜在原因,该研究团队使用已发表的肾和膀胱细胞图谱数据和一个独立未发表的肾单细胞转录组测序数据,来评估在健康肾脏和膀胱的所有种类细胞中ACE2基因的表达水平。研究结果显示,肾小管上皮细胞高表达ACE2,而膀胱上皮细胞虽然可以检测得到ACE2的表达,但表达水平低。这些结果表明,泌尿系统可能与呼吸系统和消化系统一样,是2019-nCoV感染的潜在途径。同时,SARS2019-nCoV患者的肾脏异常可能是由于近端肾小管细胞的损伤,随后导致系统性炎症反应从而引发的肾损伤。除此之外,进一步的证据需要对一些2019-nCoV特殊患者的尿液进行病毒及其他相关指标的检测。 

  *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 

  原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.08.939892v1 

  2. 2020219medRxiv预印版:利用状态转移矩阵模型预测新型冠状病毒感染高峰和患者分布 

  机构或团队:上海市第一人民医院(上海交通大学附属第一人民医院) 

  事件概要: 

  上海市第一人民医院的科研人员在medRxiv预印版平台发表论文“Utilize State Transition Matrix Model to Predict the Novel Corona Virus Infection Peak and Patient Distribution”,利用状态转移矩阵模型预测新型冠状病毒感染高峰和患者分布,提出目前仍未到疫情爆发末期。 

  研究背景:自201912月以来,中国湖北省武汉市爆发了由2019新型冠状病毒(2019-nCoV)引起的肺炎,感染病例的持续增加给中国的公共卫生决策和医疗资源配置带来了巨大压力。科研人员设法预测了湖北省的感染高峰时间以及严重和危重病例的分布。研究方法:科研人员根据中华人民共和国国家卫生委员会报告病例(2019125日至2020228日)的数据资源作为训练集,以推断出高峰感染时间和武汉市随后几天重危病例数。收集并分析医学观察、出院、感染、非严重、重症、治愈和死亡数据,使用该状态转移矩阵模型,科研人员将能预测湖北省何时出现拐点高峰时间(最大限度感染病例)。此外,还可以使用此模型来预测患者分布(严重、非严重),以更好地分配医疗资源。研究结果:在相对悲观的情况下,高峰期期是46日至414日,重症患者人数在8300-98002200-2700之间;在非常乐观的情况下(每天NCC衰减率为-10%),开放性拐点病例的高峰期将在223日至226日左右到达,同时,重症患者人数在6800-72001800-2000之间;在相对乐观的情况下(每日NCC衰减率为-5%),高峰期将在228日至32日左右到达,重症患者人数将介于7100-78001900-2200之间;在相对悲观的情况下(每天NCC衰减率为-1%),高峰期不会在3月底左右到达,估计时间是46日至414日,重症患者人数在8300-98002200-2700之间。科研人员将诊断率、死亡率和治愈率用作2/8数据,如果这些指标继续提高,则应该有改进的空间。在这种情况下,高峰期将比我们的估计更早到达,而且,随着病毒的毒性降低和医疗条件的改善,严重和危重病例的比率可能会下降。如果发生这种情况,峰值将低于上面的预测。最后文章得出结论:可以推断目前仍未接近疫情爆发的末期,危重病人的数量仍在上升,政府需要考虑对湖北省重症监护资源的援助进一步倾斜,以及对医生和医疗救助系统进行合理管理以遏制传播趋势至关重要。 

  *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用. 

  原文链接: 

  https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.16.20023614v1.full.pdf 

  二、识别动物宿主 

  1. 2020218bioRxiv预印版:在中国南方的马来亚穿山甲中鉴定出2019-nCoV相关的冠状病毒 

  机构或团队: 汕头大学、香港大学、北京化工大学、广西医科大学、悉尼大学 

  事件概要: 

  218日,bioRxiv预印平台发表了汕头大学等的论文“Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China”,从马来亚穿山甲中鉴定出2019-nCoV相关的冠状病毒。 

  虽然蝙蝠很可能是2019-nCoV的宿主,但目前还没有明确向人类传染转移的中间宿主被发现。该研究团队从中国南部缉私行动中缴获的马来亚穿山甲(Manis javanica)中鉴定出了与2019-nCoV相关的冠状病毒。通过宏基因组测序鉴定,马来亚穿山甲中相关的冠状病毒属于2019-nCoV相关冠状病毒的两个亚系,其中一株病毒在受体结合区与2019-nCoV非常接近。目前,穿山甲相关冠状病毒的多个系谱的发现以及它们与2019-nCoV的相似性表明,穿山甲可能是这种新型人类病毒的潜在中间宿主,人们应将穿山甲从农贸市场上尽快移除,以防止此类人畜共患病的传播。 

  *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 

  原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.945485v1 

 

    

  三、流行病学研究 

  1. 2020216medRxiv预印:模拟研究:估算2019-新型冠状病毒风险国家的留学生入境对韩国个体感染的影响 

  机构或团队:建阳大学医学院预防医学系 

  事件概要: 

  建阳大学医学院预防医学系在medRxiv预印本平台发表论文“The estimate of infected individuals of the 2019-Novel Coronavirus in South Korea by incoming international students from the countries of risk of 2019-Novel Coronavirus: a simulation study” 

  文章基于SARS的无症状经验数据(0.2-3%)分别假定了0.2%、1%或3%的国际留学生为携带病毒人员,进行模拟。结果显示,到三月中旬截止,在0.2%、1%和3%三种假设条件下,韩国首尔感染人数将分别为38-67人,184-280人,和546-813人,隔离人数将分别为38-64人,182-268人,和539-780人,但就总体而言,该疾病在韩国产生大流行的可能性较小。文章指出,由于公共卫生资源有限,对COVID-19可能暴露的个人进行隔离对于公共卫生当局防止本地传播至关重要。 

  *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用. 

  原文链接:https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.15.20023234v1 

 

    

  四、临床特征和管理 

  1. 2020219medRxiv预印版:湖北省外某传染病医院的COVID-19总体临床特征 

  机构或团队:深圳市第三人民医院(国家感染性疾病临床医学研究中心),南方科技大学附属第一医院(深圳市人民医院),南方科技大学医学院 

  事件概要: 

  深圳市第三人民医院、南方科技大学附属第一医院和南方科技大学医学院的科研人员在medRxiv预印版平台发表论文“COVID-19 in a Designated Infectious Diseases Hospital Outside Hubei Province, China”,介绍了深圳市第三人民医院感染COVID-19的总体临床特征。 

  研究背景:湖北省武汉市出现了一种新型冠状病毒感染(COVID-19),之前的调查报告称,武汉市的病人经常发展为严重或危重病人,死亡率很高,对湖北省以外的病人的临床特征了解甚少。本文使用的方法:将2020111日至202026日在深圳市第三人民医院治疗的所有确诊的COVID-19病例纳入研究。科研人员分析了这些病例的流行病学和临床特征,以便更好地指导正常医院环境中的患者管理。研究结果:在298例确诊病例中,有233例(81.5%)去过湖北,而42例(14%)没有流行病史,仅19264%)例以发烧为最初症状,入院后38%的患者淋巴细胞计数下降,分类为非严重和严重的病例数(百分比)分别为24080.6%)和5819.4%),其中32名患者(10.7%)需要ICU护理。与非严重病例相比,严重病例与年龄、潜在疾病以及更高水平的CRPIL-6ESR相关,病毒试验阳性的中位(IRQ)持续时间为1410-19)。病毒清除较慢与发展为严重临床状况的较高风险相关。截止2020214日,出院患者66例(22.1%),总死亡率为0。研究得出结论:在湖北省外的一家指定医院中,COVID-19患者的主要特征是症状较轻,可以通过有效的方法及正确使用现有医院系统进行治疗。 

  *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用. 

  原文链接: 

  https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.17.20024018v1.full.pdf 

 

    

  五、疫情防控 

  1. 2020219medRxiv预印版:0感染 | 武汉大学王行环团队发现戴N95口罩能显著降低医护人员新冠肺炎的感染 

  机构或团队:武汉大学 

  事件概要: 

  一个月前在武汉首次发现了一种新型的传染性肺炎病例。疾病控制与预防中心(CDC)和中国卫生部门已确定并宣布,这种新型冠状病毒(CoV)称为2019-nCoV,已引起该肺炎暴发。现有证据已证实新型冠状病毒肺炎可以人与人之间进行传播 

  研究人员收集了武汉大学中南医院6个科室(呼吸科,ICU,传染病,肝胆胰外科,创伤和显微外科以及泌尿科)的12日至122日的感染数据。这些部门的医务人员遵循不同的职业防护程序:呼吸科,ICU和传染病科的医务人员佩戴N95口罩,经常消毒和清洁双手(N95组);由于在肺炎暴发的初期人们对2019-nCoV的了解不足,其他三个部门的医务人员做到了消毒,清洁双手,但是没用戴医用口罩(无口罩组) 

  通过胸部CT诊断出2019-nCoV感染的可疑病例并通过分子诊断确认。在收集期间,总共诊断出28/58[确认/可疑]2019-nCoV患者。与无口罩组相比,N95组的患者暴露显著更高。 

  493名医务人员中,N95组的278名([医生+护士] 56 + 222)中有0人感染了2019-nCoV。与之形成鲜明对比的是,无罩组的213名(77 + 136)中有10人被感染。N95口罩组相比,无口罩组中医务人员的2019nCoV感染率显著增加 

  同时,研究人员分析了黄梅市人民医院(12例确诊患者)和蕲春市人民医院(11例确诊患者)的医护人员感染数据,并观察到了类似现象。 2019-nCoV并未感染佩戴N95口罩并遵循经常洗手消毒程序的医务人员 

  一项随机临床试验报告称,参加该试验的参与者佩戴N95口罩与医用口罩相比,实验室确诊流感的发生率无显著差异。在该研究中,发现N95口罩,消毒和洗手可以帮助减少医务人员2019-nCoV感染的风险。有趣的是,男性医生比例较高的科室似乎有较高的感染风险。 该研究结果要求在应对这种新型传染病时再次强调严格的职业保护法规 

  原文链接:https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.18.20021881v1 

 

    

  六、候选疗法的研发 

  1.2020218bioRxiv预印版:利托那韦、洛匹那韦和达芦那韦与严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2SARS-CoV-2)蛋白酶结合能力的分子模型评价 

  机构或团队: 

  事件概要: 

  218日,中山大学中山医学院研究人员在bioRxiv预印版平台发表论文“Molecular Modeling Evaluation of the Binding Effect of Ritonavir, Lopinavir and Darunavir to Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Proteases”,增加了另一种抗HIV药物达芦那韦对严重的急性呼吸综合征冠状病毒2SARS-CoV-2)蛋白酶结合能力的评价。此前该团队曾于23日发文评价了利托那韦和洛匹那韦组成的抗HIV药物[1] 

  文章指出,三种抗HIV药物利托那韦、洛匹那韦和达芦那韦可能对2019年冠状病毒病(COVID-19)有治疗作用。因此在这项研究中,通过同源性建模,建立了两种SARS-CoV-2蛋白酶,冠状病毒内肽酶C30CEP_C30)和木瓜蛋白酶样病毒蛋白酶(PLVP)的结构模型。然后将利托那韦、洛匹那韦和达芦那韦分别加入到结构模型中,然后使蛋白酶-药物复合物的能量最小化。在模拟中,利托那韦最适合与CEP_C30结合,并引起CEP_C30的显著构象变化。洛匹那韦也可以与CEP_C30适当结合,并引起CEP_C30的显著构象变化。 达芦那韦可以与PLVP适当结合,但PLVP的构象会发生轻微变化。 

  该研究揭示,利托那韦和洛匹那韦对COVID-19的治疗作用可能主要是由于它们对CEP_C30的抑制作用,而利托那韦可能具有更强的疗效。达芦那韦对SARS-CoV-2的抑制作用及其潜在的治疗作用可能主要是由于其对PLVP的抑制作用。 

  *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 

  原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.31.929695v2 

  [1]https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.31.929695v1 

    

 (资料来源:中国科讯、COVID-19科研动态监测、生物谷、iNature、春风实验室) 

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