四川省疾病预防控制中心是2002年1月11日经四川省人民政府批准，在撤销省卫生防疫站、省劳动卫生职业病防治研究所、省寄生虫病防治研究所、省地方病防治研究所和省结核病防治所基础上组建而成，是主要从事疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的省级公益事业单位。同时挂有“四川省卫生监测检验中心”和“四川省预防医学科学研究院”的牌子。依法承担疾病预防控制，突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害困素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等公共职能。
四川省疾病预防控制中心现设9个职能处室和16个专业机构。具有一批疾病预防控制和卫生监测检验高、中级专业技术人员，其中享受政府特殊津贴的专家和高级技术人员36人。
拥有DNA测序仪、ICP—MS（等离子质谱仪）、PCR定量分析仪、高效液相色谱仪、GC—MC（气相色谱质谱仪）、全自动氨基酸分析系统，全自动生化分析仪、全自动微生物生物鉴定及分析仪、γ能谱仪、原子荧光光度计、800毫安X光机等一批大型高精仪器设备。
建有血吸虫病流行病学、包虫病流行病学、放射防护等3个省重点学科，生物医学材料安全性评价和检测实验室、病原微生物分子生物学实验室、艾滋病确认实验室等3个省重点实验室。
截止2009年底中心共取得资质11项，其中国家级资质8项，省级资质3项。中心于2005年3月获国家认证认可监督管理委员会颁发的“资质认定（计量认证）证书”，同年8月获中国合格评定国家认可委员会颁发的“实验室认可证书”。
获得国家卫生部认定的资质共四项，分别为：1996年取得“第一批保健食品功能学检验机构”、 2004年获得“职业卫生技术服务机构资质证书（建设项目职业病危害评价）”、“职业卫生技术服务机构资质证书（放射防护器材和含放射性产品检测）”、2008年获得“化妆品卫生行政许可检验机构”等资质。2006年获国家农业部颁发的“农药登记试验单位资质证书”。2007年获中国疾病预防控制中心颁发的“公共场所集中空调通风系统卫生学评价机构技术评估合格证书”。
2000年至2005年间获省卫生厅认定的“卫生部健康相关产品（初审）检验机构”、“食品添加剂检验机构”和“四川省职业健康检查机构”共3项省级资质。
设有现场流行病学培训基地、全国艾滋病防治区域培训四川基地、全球基金四川省艾滋病抗病毒治疗培训中心、四川大学华西医学中心教学实习基地、泸州医学院教学实习基地、美国加州大学博士生实习点等6个培训基地。 主办有国家级和省级期刊3种，其中，《预防医学情报杂志》和《寄生虫病与感染性疾病》杂志被国际著名检索机构美国化学文摘（CN）收录。
四川省疾病预防控制中心坚持以科学发展观统领全局，以构建和谐中心为要素，以保护人民健康为宗旨，以疾病预防控制工作为重点，坚持求真务实抓改革、开拓创新促发展，狠抓业务技术建设，积极开展科研创新，加强对外交流合作，切实履行保护全省人民群众身体健康和生命安全的职责，为保障四川社会发展与经济建设做贡献。
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